L'Estany de Banyoles es de origen tectónico y kárstico y se formó en época cuaternaria (hace 250.000 años).
Los movimientos tectónicos producidos con la formación de los Pirineos dieron lugar a la falla del Empordà que coincide con el eje mayor de la zona de Banyoles. A través de una serie de fenómenos kársticos posteriores en esta zona (erosiones pluviales y fluviales que provocan hundimientos) se formó la zona lacustre.
El primer lago de Banyoles tenía una extensión muy superior a la actual, inundando toda su zona de poniente entre seis y ocho metros por sobre del nivel actual.