El fons de l'Estany és tant pobre en vida com misteriós. Molt s'ha especulat sobre quina és la seva morfologia i quins monstruosos secrets hi guarda.
Les modernes tècniques d'ecosondatge, però, han permès dibuixar la batimetria de l'Estany amb exactitud. L'Estany té fondàries importants als pocs metres de distància de la riba. Les formes arrodonides de la vora (fins ara dotze cubetes) marquen innombrables i profunds enfonsaments, molts dels quals són de surgència, és a dir, són punts d'entrada d'aigua a l'Estany des de l'aquífer confinat.
La vida al fons de l'Estany és prou difícil. La foscor, el sediment i la torbolesa de l'aigua, fan que la vida vegetal sigui pràcticament inexistent a pocs metres de fondària.