L'Estany de Banyoles és d’origen tectònic i càrstic i es va formar en època quaternària (fa 250.000 anys).
Els moviments tectònics produïts amb la formació dels Pirineus van donar lloc a la falla de l'Empordà que coincideix amb l’eix major de la zona de Banyoles. A través d’un seguit de fenòmens càrstics posteriors en aquesta zona (erosions pluvials i fluvials que donen lloc a enfonsaments) es va formar la zona lacustre.
El primer Estany de Banyoles tenia una extensió molt superior a l'actual, inundant tota la seva zona de ponent entre sis i vuit metres per sobre el nivell actual.